Os principais grupos de organismos considerados em estudos ambientais, devido a sua elevada abundância e relevância ecológica, são o fitoplâncton e zooplâncton. O fitoplâncton é composto por algas microscópicas e bactérias fotossintetizantes e são os grandes responsáveis pelo inicio da cadeia trófica em ambientes aquáticos. O zooplâncton por sua vez é composto por estágios larvais e pequenos representantes de diversos grupos de organismos. Já a bentologia envolve o estudo dos organismos que vivem no substrato dos ecossistemas e é importante, pois diversas perturbações ambientais e a poluição tendem a se acumular e gerar manifestações nesta parte do ambiente.

Fitoplâncton observado em microscópio ótico

Zooplâncton observado em microscópio ótico

Comunidade bentônica